Ada beberapa aturan-aturan atau kebijakan yang menyangkut pengelolaan organisasi dan tata kerja di Kemenag.
| No | Nama Peraturan / Perundangan | Unduh | Ket |
|---|---|---|---|
| 1 | PMA No. 13 Tahun 2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kemenag | ||
| 2 | PMA No. 12 Tahun 2018 tentang Nomenklatur Jabatan Pelaksana bagi PNS Kemenag | ||
| 3 | PMA No. 42 Tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kemenag |